O Laboratório de Microscopia foi projetado para atender as condições ambientais requeridas para as avaliações microscópicas, incluindo a filtração de ar de entrada para o laboratório e câmara de limpeza para o acesso à área de preparo de amostras. Área de leitura equipada com microscópios estereoscópicos e ópticos dispondo de sistema de análise de imagens.

Atua na avaliação do nível higiênico dos processos e produtos alimentícios por meio da identificação de matérias estranhas (insetos e seus fragmentos, excrementos e pelos de animais e outras sujidades), na avaliação da identidade dos alimentos por meio de análise histológica, diagnostica infestação por insetos e emite laudos técnicos contendo imagens dos materiais identificados.